Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi
Yıl: 2020 Cilt: 54 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 559 - 574 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/mb.70088 İndeks Tarihi: 10-06-2021
Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi
Öz: Tüberküloz (TB) tüm dünyada önemli bir halk sağlığı sorunu oluşturmaya devam etmektedir. Mikobak-teriyoloji laboratuvarları için aktif olgulara tanı konulabilmesi ve tüberküloz dışı mikobakteri (TDM)’lerin ayırıcı tanısının yapılabilmesi önemlidir. Bu çalışmada, TB şüpheli hastaların klinik örneklerinden, boyalı mikroskobik inceleme ve kültür yöntemleriyle elde edilen mikobakterilere ait [Mycobacterium tuberculosiskompleks (MTK) ve TDM] epidemiyolojik durumun ve MTK izolatlarının birinci seçenek anti-TB ilaçlara karşı direnç oranlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 2011-2019 yıl-ları arasında Balıkesir Atatürk Şehir Hastanesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarına gönderilen TB şüpheli hastalara ait çeşitli klinik örnekler dahil edilmiştir. Mikroskopi, kültür işlemleri ve birinci seçenek anti-TB ilaç duyarlılık testleri talimatlara göre uygulanmıştır. TDM’lerin tür düzeyinde tanımlanması 2012, 2013, 2016, 2017 yıllarını içeren dört yıllık sürede dış merkez desteği ile gerçekleştirilmiştir. Çalışma-mızda aside dirençli basil (ARB) pozitiflik oranı %4 (1.867/47.235), MTK için kültür pozitiflik oranı %5.1 (1.576/31.017), TDM’ler için kültür pozitiflik oranı ise %1.1 (333/31.017) olarak saptanmıştır. MTK izole edilen klinik örneklerin 837 (%53.1)’sinde ARB pozitifliği görülmüştür. ARB pozitifliği varlığında hem sıvı kültür sistemleri (SKS) hem de Löwenstein-Jensen (LJ)’de üremenin anlamlı olarak daha yüksek olduğu belirlenmiştir. MTK izolatlarının SKS’den izolasyon oranı %95.3 (1.503/1.576), LJ’den izolasyon oranı ise %67.4 (1.063/1.576) olarak saptanmıştır. SKS’de üremenin anlamlı olarak daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. ARB negatif örneklerin ortalama üreme zamanı (OÜZ) 21.79 ± 9.96 gün, ARB pozitif örnekle-rin OÜZ ise 13.74 ± 8.13 gün olarak saptanmış ve ARB pozitifliğinde OÜZ’nin anlamlı olarak daha kısa olduğu belirlenmiştir. ARB pozitifliğinin şiddeti arttıkça istatistiksel olarak anlamlı şekilde OÜZ’nin kısaldığı gözlenmiştir. İzolatların 783 (%78)’ü test edilen tüm ilaçlara duyarlı bulunurken, 221 (%22) izolat en az bir ilaca dirençli bulunmuştur. Bunlardan 11 (%1)’i, çok ilaca dirençli-TB (ÇİD-TB) izolatı olarak belirlen-miştir. Çalışmamızda tiplendirilen 112 TDM izolatı için 16 farklı tür tanımlanmıştır. En sık izole edilen TDM türleri Mycobacterium gordonae (%25), Mycobacterium avium kompleks (%17.0) [Mycobacterium intracel-lulare (%11.6), Mycobacterium avium (%5.4)] ve Mycobacterium abscessus (%13.3) olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma ile bölgemizdeki mikobakteriyoloji laboratuvarının dokuz yıllık sonuçları analiz edilerek ilk defa MTK ve TDM epidemiyolojik verileri belirlenmiştir.
Anahtar Kelime: Evaluation of Mycobacterium tuberculosis Culture and Drug Susceptibility Test Results and the Distribution of Nontuberculosis Mycobacteria from the Clinical Specimens
Öz: Tuberculosis (TB) continues to pose a significant public health problem worldwide. For mycobacterio-logy laboratories, it is important to be able to diagnose active cases and to make a differential diagnosis of non-tuberculous mycobacteria (NTM). In this study, it was aimed to retrospectively evaluate the epide-miological status of the Mycobacterium [Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and NTM] obtained from the clinical specimens of patients with TB suspicion, and the resistance rates of MTC isolates against anti-TB drugs. Various clinical samples of TB suspected patients sent to the Balıkesir Atatürk City Hospital Mycobacteriology Laboratory between 2011 and 2019, were included in the study. Microscopy, culture procedures, and the first-line anti-TB drug susceptibility tests were performed according to the instruc-tions. Identification of NTM at the species level could be made during four years including 2012, 2013, 2016, and 2017. In our study, acid fast bacillus (AFB) positivity rate was 4% (1.867/47.235); the culture positivity rate for MTC was 5.1% (1.576/31.017) and 1.1% (333/31.017) for NTM. AFB positivity was detected in 837 (53.1%) of the clinical specimens isolated from MTC. In the presence of AFB positivity, it was determined that bacterial growth was significantly higher in both liquid culture systems (LCS) and Lowenstein-Jensen (LJ) media. The isolation rate of MTC isolates from LCS was determined as 95.3% (1.503/1.576) and the isolation rate from LJ was 67.4% (1.063/1.576). The bacterial growth rate was fo-und to be significantly higher in LCS. The average bacterial growth time (ABGT) of AFB negative samples were 21.79 ± 9.96 days; 13.74 ± 8.13 days for AFB positive samples, and ABGT was significantly shorter in the case of AFB positivity. As the severity of AFB positivity increased, ABGT wasshortened which was statistically significant. While 783 (78%) of the isolates were found to be sensitive to all the tested drugs, 221 (22%) were found to be resistant to at least one drug. Eleven of them (1%) were identified as multi-drug resistant-TB (MDR-TB) isolates. In our study, 16 different species were identified among 112 typed NTM isolates. Mycobacterium gordonae (25.0%), Mycobacterium avium complex (17.0%) (Mycobacterium intracellulare-11.6%, Mycobacterium avium-5.4%) and Mycobacterium abscessus (13.3%) were the most frequently isolated NTM species. As a result, nine-year results of the mycobacteriology laboratory in our region were analyzed and the MTC and NTM epidemiological data were determined for the first time.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
- 1. World Health Organization (WHO). Global tuberculosis report 2019. World Health Organization, 2019.
- 2. Tüberküloz Tanı ve Tedavi Rehberi 2019. 2019, 2nd ed. T.C. Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, Ankara.
- 3. Türkiye’de Verem Savaşı 2018 Raporu. 2018. T.C. Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, Ankara
- 4. Tortoli E. Clinical manifestations of nontuberculous mycobacteria infections. Clin Microbiol Infect 2009; 15(10): 906-10.
- 5. Griffith DE, Aksamit T, Brown-Elliott BA, Catanzaro A, Daley C, Gordin F, et al. An official ATS/IDSA Statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases. Am J Respir Crit Care Med 2007; 175(4): 367-416.
- 6. Velayati AA, Rahideh S, Nezhad ZD, Farnia P, Mirsaeidi M. Nontuberculous mycobacteria in Middle East: Current situation and future challenges. Int J Mycobacteriol 2015; 4(1): 7-17.
- 7. Alışkan HE, Bostanoğlu E, Turunç T, Çolakoğlu Ş, Demiroğlu YZ, Kurşun E, et al. Retrospektif olarak tüberküloz laboratuvarının altı yıllık sonuçları ve antimikobakteriyel ilaçlara direnç oranları. Turk Toraks Derg 2013; 14(2): 53-8.
- 8. Yanılmaz Ö, Söyletir G. Mycobacterium türlerinin alt solunum yolu örneklerinden basit besiyerleri ile izolasyonu ve maliyet/etkinlik analizi. İKSSTD 2020; 12(1): 77-81.
- 9. Kurtoğlu MG, Ozdemir M, Keşli R, Ozkalp B, Baysal B. Isolation rate of Mycobacterium tuberculosis complex from patients with suspected tuberculosis and identification of the strains with BACTEC™ NAP and immunochromatographic TB Ag MPT64 Rapid™ Test. Mikrobiyol Bul 2011; 45(2): 266-73.
- 10. Altındiş M, Çetinkaya Z, Kalaycı R, Ciftçi IH, Arslan A, Aktepe OC. Detection of Mycobacterium isolates with different methods and their resistance ratios against anti-tuberculosis drugs. J Microbiol Infect Dis 2011; 1(1): 5-9.
- 11. Kurtoğlu MG, Yüksekkaya Ş, Özdemir M, Baysal B. Bir eğitim ve araştırma hastanesinin mikobakteriyoloji laboratuvarında direkt preparat ve kültür sonuçlarının karşılaştırılması. Selçuk Üniv Tıp Derg 2011; 27(2): 69-72.
- 12. Bilgin K, Yanık K, Karadağ A, Odabaşı H, Taş H, Günaydın M. Comparison of a real-time polymerase chain reaction-based system and Ehrlich-Ziehl-Neelsen method with culture in the identification of Mycobacterium tuberculosis. Turk J Med Sci 2016; 46(1): 203-6.
- 13. Gürsoy NC, Yakupoğulları Y, Tekerekoğlu MS, Otlu B. Evaluation of the diagnostic performance of Xpert MTB/RIF test for the detection of Mycobacterium tuberculosis and rifampin resistance in clinical samples. Mikrobiyol Bul 2016; 50(2): 196-204.
- 14. Özbey N, Akçalı A, Tatman-Otkun M. Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi 2009-2011 yılı tüberküloz laboratuvar verilerinin değerlendirilmesi. Turk Hij Den Biyol Derg 2012; 69(3): 149-54.
- 15. Esenkaya Taşbent F, Doğan M. Konya ilinde klinik örneklerden izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının birinci seçenek anti-tüberküloz ilaçlara direnç oranları. Türk Mikrobiyol Cemiy Derg 2016; 46(4): 165-71.
- 16. Özkütük N, Sürücüoğlu S. Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/ RIF testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2014; 48: 223-32.
- 17. Özkarataş E, Özkarataş MH, Özkütük AA, Esen N. Mycobacterium tuberculosis kompleks ve rifampisin direncinin saptanmasında hızlı moleküler yöntemle konvansiyonel yöntemlerin karşılaştırılması. Turk Mikrobiyol Cemiy Derg 2020; 50(1): 10-20.
- 18. Alp A, Sarıbaş Z. Evaluation of Anyplex MTB/NTM test for the detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical specimens. Mikrobiyol Bul 2019; 53(4): 355-63.
- 19. Aydın F, Kaklıkkaya N, Bayramoğlu G, Ozkul G, Buruk K, Dinç U, et al. Resistance rates of Mycobacterium tuberculosis complex strains isolated from clinical specimens. Mikrobiyol Bul 2011; 45(1): 36-42.
- 20. Şenoğlu S, Şahin M, Pelivanoğlu F, Şengöz G. Altmış bir ekstrapulmoner örnekte anti-tüberküloz ilaç duyarlılık sonuçlarının MGIT yöntemi ile araştırılması. Med Bull Haseki 2019; 57(3): 279-84.
- 21. Aslan G, Doruk E, Emekdaş G, Serin MS, Direkel Ş, Bayram G, et al. Isolation and identification of Mycobacterium tuberculosis from the urine samples by conventional and molecular methods. Mikrobiyol Bul 2007; 41(2): 185-92.
- 22. Öncel B, Karahasan A, İlki A, Söyletir G. Mycobacterium tuberculosis kompleksi suşlarında duyarlılık oranları. ANKEM Derg 2019; 33(1): 1-5.
- 23. Pazarlı AC, Ekiz T, Abakay MA. Clinical presentation of tuberculosis: a nine-year single-center experience. Eur Res J 2018; 4(3): 211-4.
- 24. Taşkın Kafa AH, Hasbek M, Çelik C, Bakıcı MZ. Sivas Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde 2011-2018 yılları arasında primer antitüberküloz ilaçlara direnç durumu. ANKEM Derg 2019; 33(3): 83-8.
- 25. Adjemian J, Daniel-Wayman S, Ricotta E, Prevots DR. Epidemiology of nontuberculous mycobacteriosis. Semin Respir Crit Care Med 2018; 39(3): 325-35.
- 26. Prevots DR, Marras TK. Epidemiology of human pulmonary infection with nontuberculous mycobacteria: a review. Clin Chest Med 2015; 36(1): 13-34.
- 27. Özçolpan OO, Sürücüoğlu S, Özkütük N, Çavuşoğlu C. Distribution of nontuberculous mycobacteria isolated from clinical specimens and identified with DNA sequence analysis. Mikrobiyol Bul 2015; 49(4): 484-93.
- 28. Bicmen C, Coskun M, Gunduz AT, Senol G, Cirak AK, Tibet G. Nontuberculous mycobacteria isolated from pulmonary specimens between 2004 and 2009: causative agent or not? New Microbiol 2010; 33(4): 399- 403.
- 29. Appak Ö, Türkel S, Esen N, Özkütük AA. Comparison of polymerase chain reaction-restriction enzyme analysis method and DNA sequence analysis results in the identification of non-tuberculous mycobacteria. Acta Microbiol Immunol Hung 2018; 65(4): 515-27.
- 30. Gunaydin M, Yanik K, Eroglu C, Sanic A, Ceyhan I, Erturan Z, et al. Distribution of nontuberculous mycobacteria strains. Ann Clin Microbiol Antimicrob 2013; 12: 33.
| APA | OZEN N, ATİK t, cetin duran a (2020). Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. , 559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| Chicago | OZEN NERMIN,ATİK tkulaatik,cetin duran alev Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. (2020): 559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| MLA | OZEN NERMIN,ATİK tkulaatik,cetin duran alev Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. , 2020, ss.559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| AMA | OZEN N,ATİK t,cetin duran a Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. . 2020; 559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| Vancouver | OZEN N,ATİK t,cetin duran a Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. . 2020; 559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| IEEE | OZEN N,ATİK t,cetin duran a "Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi." , ss.559 - 574, 2020. 10.5578/mb.70088 |
| ISNAD | OZEN, NERMIN vd. "Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi". (2020), 559-574. https://doi.org/10.5578/mb.70088 |
| APA | OZEN N, ATİK t, cetin duran a (2020). Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 54(4), 559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| Chicago | OZEN NERMIN,ATİK tkulaatik,cetin duran alev Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 54, no.4 (2020): 559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| MLA | OZEN NERMIN,ATİK tkulaatik,cetin duran alev Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.54, no.4, 2020, ss.559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| AMA | OZEN N,ATİK t,cetin duran a Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2020; 54(4): 559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| Vancouver | OZEN N,ATİK t,cetin duran a Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2020; 54(4): 559 - 574. 10.5578/mb.70088 |
| IEEE | OZEN N,ATİK t,cetin duran a "Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 54, ss.559 - 574, 2020. 10.5578/mb.70088 |
| ISNAD | OZEN, NERMIN vd. "Klinik Örneklerden İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Kültür ve İlaç Duyarlılık Test Sonuçlarının Analizi ve Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımının İncelenmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 54/4 (2020), 559-574. https://doi.org/10.5578/mb.70088 |
